เกี่ยวกับประวัติในการสร้างพระเครื่องของหลวงปู่โต๊ะนั้น พระเครื่องชุดแรกสุดของท่าน จะมีทั้งหมด ๑๓ พิมพ์ด้วยกัน เช่น พระสมเด็จสามชั้น พิมพ์ขาโต๊ะ, พระสมเด็จพิมพ์เจ็ดชั้น และ พระสมเด็จสามชั้นพิมพ์หูบายศรี เป็นต้นพระเครื่องทั้ง ๑๓ พิมพ์นี้ หลวงปู่โต๊ะได้ลงมือสร้างด้วยความตั่งใจ และปรารถนาจะให้ขลังเป็นพิเศษ โดยพยายามเสาะหาวัตถุอันเป็นมงคลและอาถรรพ์เวทย์ต่างๆ ที่มีความขลังความศักดิ์สิทธิ์มาทำ และกดพิมพ์ด้วยมือของท่านเองเป็นส่วนใหญ่ เพราะหลวงปู่ได้ผู้ช่วยทำงานซึ่งเป็นอาสาสมัคร อันประกอบด้วยพระเณร และฆราวาสมาจากวัดพลับ บางกอกใหญ่ คอยแนะนำส่วนผสมและวิธีการสร้างพระเครื่องต่างๆผงพุทธคุณที่หลวงปู่ได้เสาะหามาผสมในการสร้างพระเครื่องชุดแรกนี้ มีผงวิเศษที่จัดเป็นแม่เชื้อของผงทั้งหมดโดยในยุคที่หลวงปู่ออกธุดงค์บ่อยๆ นั้น หลวงปู่ได้เคยไปธุดงค์ด้วยกันกับหลวงพ่อสด วัดปากน้ำ ภาษีเจริญ และหลวงพ่ออีกองค์หนึ่งซึ่งจำชื่อและความเป็นมาไม่ชัดเจนเมื่อท่านได้กลับมาที่วัดประดู่ฉิมพลีแล้ว ท่านทั้งสามก็ได้ทบทวนวิชาที่ได้เล่าเรียนกันมา ก็ได้ผลลัพธ์ออกมาคล้ายกัน ต่างจึงตกลงที่จะเขียนสูตรผงนั้น โดยใช้ดินสอพองมาละลายน้ำมนต์แล้วปั้นเป็นแท่งเหมือนกับชอล์ก แล้วเอาใบตำลึงมาตำ คั้นน้ำมาทาแท่งดินสอพองเวลาจับจะได้ไม่ติดมือ จากนั้นก็จะลงมือเขียนตามอักขระเลขยันต์ จากปถมัง ตรีสิงเห อิทธิเจ และมหาราช ว่าไปจนครบสูตร จะเว้นไม่ได้ หากขาดไปวันหนึ่งก็ต้องเอาผงที่เขียนไว้แล้วมารวมกัน แล้วเขียนขึ้นมาใหม่ทำทุกวันต่อเนื่องกันไปจนครบสูตรเมื่อเขียนเสร็จได้เท่าไร ต่างองค์ต่างก็จะแบ่งขึ้นมาเป็นสามกอง โดยต่างองค์ก็จะมอบให้แก่กันองค์ละกอง แล้วจึงเอาผงทั้งหมดมาผสมรวมกัน ผงที่สร้างขึ้นมานี้ ก็จะเป็นสีขาวเรื่อๆ เล็กน้อย นวลละเอียด มีพุทธคุณทางเมตตา และทางด้านอื่นๆ อีกสูงมาก ผงวิเศษที่สร้างขึ้นมานี้ก็คือ ผงวิเศษหรือที่ลูกศิษย์ของท่านได้เรียกกันว่าเป็น ผงอิทธิเจส่วนผสมผงทั้งหมดที่ได้มานั้น มีของวัดพลับมากที่สุดซึ่งเป็นพระวัดพลับที่ชำรุด และแตกหักจากคราวกรุแตก นอกจากนี้ ยังได้มวลสารสำคัญคือผงจากพระสมเด็จ วัดระฆังฯ ธนบุรีจำนวนเล็กน้อย ซึ่งเป็นของฆราวาสบ้านอยู่ใกล้กับวัดระฆังฯ
